因维德人入侵地球，已化身为人类的机器人统治者与抵抗军联手，为夺回母星发起绝地反击。
在第一季的决战之后，太空堡垒SDF-3带着远征军前往宇宙深处寻找机器人统治者的老家。与此同时，因维德人趁机占领了因战争而千疮百孔的地球。留守在地球的战士们组建了抵抗组织，在废墟中打游击。第二季双线叙事：一边是远征军在旅途中遭遇宇宙黑洞和神秘外星种族的挑战，探索机器人统治者的起源之谜；另一边是地球抵抗军在恶劣环境下保护幸存平民。两股势力在季终通过超时空通讯取得联系，一个史无前例的联合反击计划就此展开，目标是同时解放地球并直捣因维德人的老巢。
延续了第一季宏大的世界观，但情感刻画更加细腻。双线叙事让节奏更加紧凑，关于战争、生存与牺牲的探讨超越了普通动画的范畴，是科幻史诗中的不朽丰碑。
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